Daži pētnieki uzskata, neparasts “lēna vīruss” vai cits organisms izraisa KJS. Tomēr, viņi nekad nav bijusi iespēja izolēt vīrusu vai cita organisma cilvēkiem ar slimību. Turklāt, līdzeklis, kas izraisa KJS ir vairākas īpašības, kas ir neparasti zināmo organismu, piemēram, vīrusiem un baktērijām.
Tas ir grūti, lai nogalinātu, tas nešķiet nekādu ģenētisku informāciju formā nukleīnskābju (DNS vai RNS), un tas parasti ir ilgs inkubācijas periods pirms parādās simptomi. Dažos gadījumos, inkubācijas periods var būt tik ilgi, kamēr 40 gadi. Vadošo zinātnisko teoriju šajā laikā apgalvo, ka KJS un citiem TSE izraisa proteīna veids sauc prionu.
Prionu olbaltumvielas rodas gan normālo formu, kas ir nekaitīgs olbaltumvielas organisma šūnās, un infekcijas formā, kas izraisa slimības. The nekaitīgs un infekcijas formas prionu proteīna ir tāda pati secība aminoskābju (the “celtniecības klucīši” olbaltumvielu) bet infekcijas forma olbaltumvielu ir cita salocītu formu nekā normālas proteīna. Sporādiskas KJS var attīstīties, jo dažas personas normālā prioni spontāni pārvērsties infekcijas forma proteīnu un tad mainīt prioni citās šūnu ķēdes reakciju.
Kad viņi parādās, patoloģisks prionu olbaltumvielas apkopot, vai salīp kopā. Izmeklētāji domā, šie olbaltumvielu pildvielas var izraisīt neironu zudumu un citiem smadzeņu bojājumu redzējis CJD. Tomēr, viņi nezina, kā tieši šis kaitējums rodas.
Par 5 līdz 10 procenti no visiem KJS gadījumiem ir iedzimta. Šie gadījumi rodas no mutāciju, vai maiņa, ar gēnu, kas kontrolē veidošanos no parastā prionu proteīna. Kaut prioni paši nesatur ģenētisku informāciju un neprasa gēni reproducēt sevi, infekcijas prioni var rasties, ja mutācijas notiek gēnu organisma normālu prionu proteīna.
Ja prionu proteīna gēnu izmainīts cilvēka spermatozoīdu vai olšūnu, mutācija var pārsūtīt personas pēcnācējiem. Vairākas atšķirīgas mutācijas prionu gēnu ir identificētas. Īpaši mutācija atrodama katrā ģimenē ietekmē cik bieži slimība un kādi simptomi ir visvairāk pamanāmas. Tomēr, ne visi ar mutācijām cilvēki prionu proteīna gēnu attīstīt KJS.