Uzroci encefalopatije su oboje brojni su i različiti.

Neki primjeri uzroka encefalopatije su:

zarazan (bakterije, virusi, paraziti, ili prioni),

anoksični (Nedostatak kisika u mozgu, uključujući traumatskim uzrocima),

alkoholičar (alkohol toksičnost),

hepatičan (na primjer, zatajenje jetre ili rak jetre),

uremički (bubrega ili zatajenje bubrega),

metaboličke bolesti (hyper- ili hipokalcemija, hypo- ili hypernatremia, ili hipo- ili hyperglycemic),

tumori mozga,

mnoge vrste otrovnih kemikalija (živa, dovesti, ili amonijak),

promjene u tlaku unutar mozga (često od krvarenja, tumori, ili apscesi), i

loša prehrana (neadekvatna vitamina B1 unos alkohola ili povlačenje).

Ovi primjeri ne pokrivaju sve od potencijalnih uzroka encefalopatije, ali su navedeni pokazati širok spektar uzroka.

Iako su brojni uzroci encefalopatije poznat, Većina slučajeva nastaju iz nekoliko glavnih kategorija (neki primjeri u zagradama):

infekcija (HIV, Neisseria meningitides, herpes, i hepatitis B i hepatitis C),

oštećenje jetre (alkohola i toksina),

Mozak anoksija ili moždanih stanica uništavanje (uključujući traume), i

zatajenja bubrega (uremički).

Neki lijekovi mogu uzrokovati encefalopatiju; na primjer, stražnji reverzibilna encefalopatija sindrom (PRES) može doći zbog uporabe lijekova poput takrolimusa i ciklosporina. Ovaj sindrom se manifestira sa simptomima glavobolje, zbunjenost, i napadajima.